สาขาวิชาศัลยศาสตร์หลอดเลือดและปลูกถ่ายอวัยวะเป็นหน่วยเริ่มที่เพิ่งปรับแยกย่อยจากหน่วยศัลยศาสตร์ทั่วไปสาย A และหน่วยศัลยศาสตร์ทั่วไปสาย B เดิม เป็น 4 หน่วยย่อย ได้แก่ สาขาวิชาศัลยศาสตร์ทั่วไป สาขาวิชาศัลยศาสตร์ตับ ตับอ่อนและทางเดินน้ำดี สาขาวิชาศัลยศาสตร์เต้านมและต่อมไร้ท่อ และสาขาวิชาศัลยศาสตร์หลอดเลือดและปลูกถ่ายอวัยวะ เพื่อการเรียนการสอนหลักสูตรศัลยศาสตร์ทั้งระดับก่อนและหลังปริญญา การบริการ และการวิจัย สำหรับการเรียนการสอนหลักสูตรศัลยศาสตร์ระดับหลังปริญญาทางหน่วยศัลยศาสตร์หลอดเลือดฯ ได้เริ่มการอบรมหลักสูตรศัลยศาสตร์หลอดเลือดภายใต้การรับรองของราชวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทยตั้งแต่ปีการศึกษา พ.ศ.2548 โดยได้รับความร่วมมือจากหน่วยงานทั้งในและนอกของภาควิชาศัลยศาสตร์ได้แก่ สาขาวิชาศัลยศาสตร์หัวใจและทรวงอก ภาควิชาศัลยศาสตร์ หน่วยรังสีวิทยาหลอดเลือด ภาควิชารังสีวิทยา หน่วยหัวใจและหน่วยประสาทวิทยา ภาควิชาอายุรศาสตร์ ภาควิชาเวชศาสตร์ฟื้นฟูในการจัดการอบรมนี้คณะฯ ที่ร่วมอบรมหลักสูตรศัลยศาสตร์หลอดเลือด